Um acidente em uma base dos Estados Unidos faz com que o EVA Unidade 3 fique em poder da NERV. Gendo Ikari manda então, Ritsuko instalar o controverso sistema Dummy no bio-robô e procurar a quarta criança para pilotá-lo.
O escolhido acaba sendo Toji, um dos melhores amigos de Shinji. Porém, infelizmente, enquanto o garoto participava de alguns testes, a Unidade 3 acaba sendo controlada por um Anjo, que destrói a base de operações e dirige-se à NERV.
Diante disso, a ordem de Gendo Ikari é inflexível: eliminar o EVA 03. Mas será Shinji capaz de incapacitar o bio-robô com seu amigo lá?