O time de basquete da escola secundária Teiko que subiu para distinção, demolindo toda a concorrência, tem na equipe cinco jogadores prodígios conhecidos como a “Geração dos Milagres”. Após o término do ensino fundamental, essas cinco estrelas se matricularam em colégios diferentes. Cada colégio possuía agora uma forte equipe de basquete. No entanto, um fato que poucos sabiam é que havia outro jogador da “Geração dos Milagres”, um sexto “jogador fantasma”.

Este jogador misterioso é agora um calouro na Seirin High, uma escola nova, com sua pouco conhecida equipe de basquete. Agora, Kuroko Tetsuya, o sexto membro da “Geração dos Milagres”, e Kagami Taiga, um jogador de talento natural, que passou a maior parte do ensino médio nos Estados Unidos, têm o objetivo de trazer Seirin ao topo do Japão, desafiando os antigos companheiros de Kuroko, um a um.